//プロセスを生成する。

            Process p = new Process();

            p.StartInfo.FileName = appPath;

            p.StartInfo.Arguments = args;

            p.StartInfo.UseShellExecute = false;

            p.Start();

            //念のため待つ。

            p.WaitForInputIdle();

            // ウィンドウのハンドルを取得するのだが、
            // IEや.NETアプリを立ち上げるとゼロになってしまう場合がある。

            IntPtr hMainWindow = p.MainWindowHandle;

            //プロセスを生成する。

            Process p = new Process();

            p.StartInfo.FileName = appPath;

            p.StartInfo.Arguments = args;

            p.StartInfo.UseShellExecute = false;

            p.Start();

            //念のため待つ。

            p.WaitForInputIdle();

            //ウィンドウハンドルが取得できるか、
            //生成したプロセスが終了するまで待ってみる。

            while (p.MainWindowHandle == IntPtr.Zero && 
            p.HasExited == false)

            {

                System.Threading.Thread.Sleep(1);

                p.Refresh();

            }

            // hMainWindow != IntPtr.Zeroの場合にはウィンドウハンドルを
            //取得できたと思われる。

            IntPtr hMainWindow = p.MainWindowHandle;

　このコードでは、WaitForInputIdle();で念のためメッセージループの開始を待った後に、さらに、本当にウィンドウハンドルが取得できたかどうかをチェックし、取得できるまでループを回す、という事を行っています。

　その際に、起動したプロセスが異常終了した時の事も考慮し、プロセスが終了してしまった場合にはループを抜けるようにしています。

　今のところはこのやり方で、メインウィンドウのハンドルは取得できています。

　ただしこのコードにはタイムアウト処理が入っていません。もし起動したプロセスがなんらかの原因でウィンドウの生成に失敗した場合、起動元のプロセスがフリーズしてしまいますので、実際にはタイムアウト処理も入れた方が良いでしょう。

　さらに.NET Frameworkのドキュメントによりますと、Windows Formで生成したフォームのウィンドウハンドルはフォームの有効期間中に不変であるという保証はないそうです。（ShowInTaskbarプロパティを操作すると変わったりするようです）　従って、ウィンドウハンドルを取得しそこへウィンドウメッセージを送るという方式でプロセス間通信を実現する場合には、取得したメインウィンドウのハンドルを保持しておくのではなく、メッセージ送信前に取得しなおしておいたほうが確実かもしれません。